ARPAT, in quanto parte del Sistema Nazionale per la Protezione dell’Ambiente (SNPA), è incaricata dal Ministero dell’Ambiente di attuare i programmi di monitoraggio per la valutazione dello stato ambientale delle acque marine. A partire dal 2015, ARPAT svolge queste attività secondo moduli operativi e metodologie standardizzate a livello nazionale per garantire la confrontabilità dei dati. Si avvale di personale specializzato (del Settore Mare e dei Laboratori) e di mezzi dedicati, come il battello oceanografico Poseidon, per eseguire campionamenti e analisi indispensabili al raggiungimento dei traguardi ambientali previsti dalla Marine Strategy.