ARPAT è impegnata da molti anni, a vario livello, nella tutela della biodiversità marina.
Il Settore Mare dell’Agenzia valuta lo stato ecologico degli ecosistemi tramite monitoraggi periodici delle acque marino-costiere, ma anche grazie a progetti sviluppati ad hoc. A questo proposito è importante ricordare che il Settore Mare di ARPAT è stato impegnato prima nella realizzazione (periodo 2004-2007) e poi nel costante aggiornamento del progetto BIOMART (Biodiversità Marina in Toscana), il cui database – in accordo con le finalità del database RE.NA.TO (Repertorio Naturalistico Toscano) della Regione Toscana – rappresenta la parte complementare per gli specifici aspetti legati alla tutela della biodiversità marina.