ARPAT monitora lo stato chimico ed ecologico delle acque di transizione (come foci e lagune) per valutarne la qualità e l’impatto delle attività umane. Le attività includono la realizzazione di reti di monitoraggio e la raccolta di dati sui parametri chimico-fisici e biologici per classificarne lo stato, fornendo supporto tecnico-scientifico agli enti regionali.