A seguito dell’approvazione del nuovo Regolamento e del nuovo atto organizzativo l’Agenzia è in fase di riorganizzazione. L’organigramma e l’articolazione delle Strutture attuale, sono fondati sull’asset normativo precedente.

I Dipartimenti sono strutture di tipo operativo che rappresentano il referente delle attività di controllo per il sistema istituzionale locale.

Operano sotto il coordinamento delle Aree Vaste, strutture sovra-provinciali che hanno  lo stesso bacino di riferimento di quelle adottati anche per le Aziende sanitarie locali toscane.